Witam,
Potrzebuję pomocy w ogarnięciu programu R Studio i LaTeX. Podobno mega proste, a mi spędzają sen z powiek.
Już częściowo udało mi się to rozpracować, ale nadal mam braki, a internet niestety nie daje odpowiedzi nawszystko, szczególnie, że nie do końca wiem sama czego szukać. Mam nadzieję, że tu uda mi się uzyskać pomoc.
Pierwsza rzecz, niby bardzo prosta a jednak nie do końca. Muszę zrobić indeks dolny w równaniu. Prosta zasada z podkreślnikiem _ z grubsza zadziałała, ale nie na wszystkie wartości. Próbowałam, zgodnie z poradą innych osób i internetu zastosować \_{ }, ale nie zadziałało. Wydaje mi się, że ma to coś wspólnego z nawiasami { }, których jest tu od groma. Nie ogarniam, więc proszę o pomoc.
Główne równanie, które nie jest widoczne w tekście
```{r fn-definitions}
# enter R functions here to be used later in the investigation
# ------------ lv_model ------------------------------------------------
# Function for rates of change of predator-prey in Lotka-Volterra system
lv_model = function(t, state, parameters){
with(as.list(c(state, parameters)),{
#rate of change
dP_1 = P_1 * (a - b * P_1) - c * P_1 * P_2
dP_2 = d * P_2 * P_2 - (e * P_2) - (f * P_2 * P_3)
dP_3 = g * P_2 * P_3 - (h * P_3)
list(c(dP_1, dP_2,dP_3))
})
}
a to równanie jest w treści tekstu, które będzie widoczne po przerzuceniu do worda toteż chciałabym aby było poprawnie sformuowa
$$\begin{aligned}
\frac{\textrm{dP_1}}{\textrm{dt}} &= P_1 (a - b P_1) - c P_1 P_2\\
\frac{\textrm{dP_2}}{\textrm{dt}} &= d P_1 P_2 - e P_2 - f P_2 P_3\\
\frac{\textrm{dP_3}}{\textrm{dt}} &= g P_2 P_3 - h P_3
\end{aligned}$$
Jak zaznaczyłam użyłam podkreślnika po lewej srtronie równania tak samo jak po prawej, ale po lewej nie działa. Na wykresie widać podkreślnik a nie index dolny tak jak po prawej stronie. Nie wiem jak to naprawić, bo tak jak wcześniej pisałam znak specjalny \_{ } nie działa.
Drugą rzeczą, z którą sobie nie daję rady jest plot, który musi być widoczny w pracy. Aktualnie widać na wykresie 3 różne populacje i wydawało mi się, że jest ok, ale wykładowca powiedział, że nie może być dodatkowego znaky, że r tylko odczytuje x i y, a ja dodałam z i program tego nie zrozumie. Jeśli odejmę trzecią populację to automatycznie znika ona z wykresu, co zrozumiałe, ale nie wiem jak zrobić żeby było ok. Tzn wydaje mi się, że tak jak miałam było dobrze, bo były ładnie zaznaczone 3 populacje i o to w zadaniu chodzi, ale wykładowca powiedział, że jest źle. I jak to tu teraz ogarnąć???
Poniżej są dane jakie użyłam do zrobienia wykresu i jak dla mnie jest ok, ale wygląda na to, że nie jest. Jeśli wykasuję P_3 to na wykresie będą tylko widoczne P_1 i P_2, a chodzi przecież o to żeby były wszystkie trzy.
# --------------- plot_lotka_volterra ----------------------------
# Function to plot the number of predators and prey in the system
plot_lotka_volterra = function(output_df){
# first we reorganise the data
output_df_long = gather(data = output_df, key = species,
value = num_anim, P_1:P_2:P_3)
# then we plot it
plot_to_return = ggplot(output_df_long, aes(x = time, y = num_anim,
colour = species)) +
geom_line() +
labs(x = "Time", y = "Number of Animals",
title = "Number of Three Species") +
scale_colour_discrete(name = "Species", labels = c("Population 1", "Population 2", "Population 3"))
# return the plot from the function
return(plot_to_return)
}
A poniżej są inne dane, które pozmieniałam ale sama nie wiem o co w tym chodzi i po co to jest
# --------------- phase_plot --------------------------------------
# Function to plot the phase portraits of several systems
phase_plot = function(output_df){
# plot to return
plot_to_return = ggplot(output_df, aes(x = P_1, y = P_2)) +
geom_point() +
labs(x = "Number of Population 1", y = "Number of Population 2",
title = "Phase Plot of Population 1 and Population 2 Model")
# plot to return
plot_to_return = ggplot(output_df, aes(x = P_1, y = P_3)) +
geom_point() +
labs(x = "Number of Population 1", y = "Number of Population 3",
title = "Phase Plot of Population 1 and Population 3 Model")
# plot to return
plot_to_return = ggplot(output_df, aes(x = P_2, y = P_3)) +
geom_point() +
labs(x = "Number of Population 2", y = "Number of Population 3",
title = "Phase Plot of Population 2 and Population 3 Model")
return(plot_to_return)
}
```
Generalnie nigdy w życiu nie używałam tego programu. Zajęcia zaczęły się od informacji na takim etapie jakbyśmy już co najmniej rok używali R i dokładnie wiedzieli o co chodzi, dlatego taka porażka. Wykładowca tylko naprowadza na błędy ale samemu trzeba je znaleźć, z tym, że dla kogoś kto nie wie co robi to nawet jeśli by palnem pokazał nic by to nie zmieniło.
Serdecznie proszę o pomoc. Jeśli trzeba prześlę rmd do przeglądu. Pracuję nad modelem Lotka-Volterra dla trzech gatunków.
Dzięki
AMF